Se a utilização dos pesticidas é, muitas vezes, considerada incontornável por parte dos profissionais, sucede que a presença de resíduos de pesticidas nos vinhos é uma outra questão relevante, uma vez que afecta a garantia sanitária dos produtos na perspectiva dos consumidores. Como se sabe, a regulamentação europeia impõe limites máximos de resíduos (LMR) para as uvas para vinho mas não de forma explícita para o vinho, excepto algumas iniciativas privadas para certas moléculas.
Assim, a maioria dos vinhos presentes no mercado contêm resíduos de pesticidas que são detectáveis embora, na maior parte das vezes, a uma escala infinitésimal. De acrescentar que o limiar aceitável para a certificação permanece por definir, o que coloca algumas questões, nomeadamente, no que refere a determinados produtos mesmo que presentes em doses muito reduzidas, para além dos próprios metabolitos (moléculas reconstituídas a partir das moléculas utilizadas) que, por vezes, se revelam mais tóxicos do que as moléculas iniciais. Estes são aspectos ainda pouco explorados quer, a nível científico, quer regulamentar.
